原則上由申訴人負擔全部費用，但在「申訴人選擇一名專家，而註冊人選擇三名專家」時，雙方當事人各負擔一半費用。

因此在專家小組組成後，如有上述之情形出現，爭議處理機構會依據附則的規定，向申訴人追加或返還部分費用。